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KASP SNP分型技术经验分享(一)

版权所有,转载请联系基因市场部
2017-09-14

        近日,关于KASPKompetitive Allele Specific PCR,竞争性等位基因特异性PCR SNP分型技术的相关文章可谓层出不穷,一波接一波,越来越多的科研学者、生物领域工作者将目光投向并选择使用这一特异性高、灵活性强、成本低等众多特色于一身的SNP分型技术,至于KASP技术的具体工作原理小编在此就不提了如果有不清楚的朋友们,可联系文章下方的技术负责人进行了解,今天要给大家分享的是一个从诡异结果中分析得出的宝贵经验。至于如何诡异,咱往下看~


背景说明

KASP技术是终点法检测荧光,也就是说待PCR结束后降温然后再读取荧光值,如果分型结果并没有很理想,往往是因为扩增效率不高导致的,故我们会对其加循环然后再检测荧光值,直到满意为止。


        那么故事发生在大约1年多以前,我们公司那单纯又可爱的实验员睁着圆溜溜的大眼睛告诉我:加循环后的结果与一开始Standard PCR程序后的结果不一致,分型结果完全颠倒了,黑人问号脸,有没有?直接看下图:

图片 1.png

仔细比较上面两个结果,可以看出:

1.          黑色的点(NTC)位置变了,从右上角回到了正确位置左下角

2.          红色(一种纯合)和蓝色(另一种纯合)的点完全换了,而绿色(杂合)没变

如此诡异,得分析原因啊,第一反应是难道读板时孔板放反了?但这个马上得到否决,放反了的话,板子转180度,绿色的点位置不可能都不变,那到底是什么原因?实在想不明白,邮件咨询具有十几年服务经验的LGC厂家,依然记得英国那边的技术人员回了我一句话Make sure that the assay aliquot is well defrosted and thoroughly mixed using a vortex before dispensing

确保引物彻底融化并充分混匀,如此简单的小细节,首先彻底融化这点是必须的,充分混匀,大家在做实验时往往习惯用手摇一摇、晃一晃,觉得就够了,可真的就万万没想到这一点导致了如此诡异的结果,后面我们按照厂家建议重复了实验,结果稳...定...了...

这点看似简单、鸡毛般轻飘飘,实则细节决定成败(估计英国那边曾经也碰到过这一情况)


背景说明

KASP技术的Assaymix形式,根据SNP位点设计两条特异性引物和一条反向通用引物,按照一定比例混匀成Assay mix, 装在一支底部带有二维码的管子中


       最后再强调一遍,使用Assay mix时务必彻底溶解、充分混匀后再操作。想想做任何实验不都得这样操作吗?也就是说,赶紧看看实验室有没有Vortex和掌上离心机这两件小宝物吧,没有的话,电话联系基因公司,该备起来了~

图片 2.png

上海贝晶生物技术有限公司是基因集团子公司,专注于为广大科研工作者提供实验室技术服务,作为LGC KASP技术的服务商,积累了相当丰富的服务经验,可关注基因公司网站信息或关注基因官方微信平台“基因快讯”,小编将为大家持续放送KASP技术经验分享。


产品负责人:

KASP SNP分型技术及服务                        成小姐 

                                                                      Tel/Wechat:18817595251

                                                                      Email:Shirley_cl@baygene.com

Vortex and离心机产品                                顾先生 

                                                                      Tel/Wechat:13701787876

                                                                      Email:Gujingnan@genecompany.com