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你纯化的样品真的纯吗?

版权所有,转载请联系基因市场部
2017-06-13

       核酸样本质控时,我们常用A260/A280,A260/A230的比值来评估核酸的纯度。一般认为,A260/A280比值dsDNA为1.8,RNA为2.0,A260/A230比值为2.0-2.2之间时,核酸纯度符合要求,可进行下游实验。但事实并非总是如此,有时这两个纯度比值对有些污染物(如苯酚)并不敏感。NanoDrop One 独有的Acclaro智能检测技术具有污染物鉴定的功能,可以帮助我们灵敏地检测出核酸样本中的杂质,给出准确的污染物信息和浓度信息。

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       有位同学在做分子克隆,他将PCR产物和酶切的载体切胶回收,对回收后的核酸样本进行质控,结果显示浓度和纯度都较好,但做连接却怎么也不成功。我们将回收的PCR产物用NanoDrop One检测发现,虽然纯度比值均符合要求,但“Acclaro”提示样本中存在苯酚的污染。苯酚是一种有机溶剂,会使蛋白变性,酶失活,原来这就是导致连接实验失败的罪魁祸首!

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图1:该样品的纯度比值都比较正常,其实里面存在苯酚污染,NanoDrop One 独有的Acclaro智能检测技术帮我们灵敏地检测出样品中的杂质。

 

       苯酚在230nm,260nm,280nm都有较高的吸收,所以核酸中有苯酚污染时,A260/A280,A260/A230的比值变化不明显。

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图2:苯酚的光谱图

 

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图3:dsDNA样本中加入不同量的苯酚,但 A260/A280,A260/A230比值变化不大

 

      我们准备了一个240ng/ul的dsDNA标准品,向标准品中加入不同量的苯酚。从下面的表格可以看出,当苯酚添加达到1200ppm时,A260/A280 纯度比值才会出现异常;而苯酚添加仅为38ppm时,NanoDrop One 的软件就会给出警示,提示有污染物存在。Acclaro智能检测技术不仅可以帮我们监测污染物,还能进行浓度校正,消除污染物对核酸检测的干扰。从下面的表格可以看到,随着样本中苯酚的浓度增加,原始的DNA浓度也随之增加,而通过校正过的浓度却一直保持在240ng/ul左右,浓度校正的误差仅在10% 以内。

 

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图4:我们向相同浓度的dsDNA标准品中加入不同量的苯酚,NanoDrop One 可给出DNA的浓度(原始)和纯度,3-9样本可以直接从Acclaro 污染物分析界面获得校正后的DNA浓度。

 除苯酚外,NanoDrop One还可鉴定出蛋白质,异硫氰酸胍,盐酸胍等常见污染物,在整个核酸质控的环节,一路为您保驾护航,得到更准确的样本信息,让您可以更清楚地决定如何进行下游的实验。

 

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