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如何从FFPE样本中获得高质量核酸?

版权所有,转载请联系基因市场部
2017-08-29

FFPE样本日渐成为疾病分子层面研究的重要样本来源,由于FFPE样本保存过程中核酸已部分降解,同时DNA与组蛋白紧密交联,在常规的FFPE样本核酸提取过程中,可能会遇到诸多困难,比如:脱蜡的有机溶剂脱蜡效果不好;脱蜡试剂残留,干扰下游实验;样本珍贵,但抽提的核酸得率低,质量差;组织切片比较厚,难处理;提取步骤繁琐耗时等等。


那么如何解决FFPE样本核酸提取中的常见困难,获得高质量核酸呢?

主流测序平台,如三代单分子测序Pacbio、Lucigen(Illumina旗下原Epicentre),在处理FFPE样本时均推荐Covaris truXTRAC FFPE核酸提取试剂盒

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Covaris truXTRACTM基于专利自动聚焦声波技术(Adaptive Focused Acoustics AFA),其特点如下:


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AFA超声乳化效果前后对比

1. 告别二甲苯等有机溶剂;

2. AFA超声乳化、脱蜡:提高水化效果和大分子解离;

3. 石蜡去除到DNA片段化<3小时,全程单管操作;

4. 更高的核酸得率和质量,可直接用于NGS;

5. 可处理5-25μm厚FFPE组织切片。

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美国Roswell Park 癌症研究所Personalized Medicine中心的研究人员对Q厂家的硅胶膜过柱法和Covaris的AFA方法二者抽提的核酸样本在各大主流测序平台(如illumina、Ion torrent、PyroMark、 NanoString nCounter)上进行了验证比较。结果表明,Covaris提取的DNA样本得率和片段长度大多数优于Q厂家产品提取的;Covaris truXTRAC DNA 样本在进一步的分子诊断测试中也表现的更优。

Covaris truXTRAC FFPE DNA/RNA试剂盒在Covaris 各型号平台上均可使用。如果您已经有Covaris平台,除了核酸片段化,还可以拓展它例如FFPE样本核酸提取、Chip染色质剪切等应用;如果您暂未有Covaris平台,又面临FFPE核酸样本抽提质量不高的问题,请联系我们,我们可以为您介绍您身边的Covaris平台。