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什么,多倍体、同源性高的SNP位点也能做?!

版权所有,转载请联系基因市场部
2017-08-29

KASP,竞争性等位基因特异性PCR,可谓是众多SNP分型技术中的一匹黑马,迅速占领市场,以其位点设计的强灵活性、分型结果的高准确性、成本低廉为学者所知,今天小编给大家仔细讲讲KASP技术位点设计方面的灵活性都具体表现在哪些方面。

1.   引物设计方向上(这一部分简单介绍)

KASP技术会设计两条特异性引物和一条反向通用引物,前者用于竞争性识别SNP的两个等位,如下图所示:

正向设计.png

重点在于识别SNP位点的碱基位于引物的一端,也就是说如果SNP上游序列无法设计特异性高、GC含量适中的引物,可以考虑在SNP的下游设计两条特异性引物,将通用引物设计在SNP上游,也就是下图所示(请忽略具体序列):

反向设计.png

2. 下面重点介绍同源性高、多倍体物种如何设计高特异性的引物

Anchoring site,锚定位置,也就是说寻找目标序列中的独特碱基,设计在引物中,提高引物对目的序列的识别度,提交序列时如下图所示:

anchoring.png

注:”< >”符号标识anchoring位点,且建议anchoring位点距离SNP不超过70bp,一条序列中可设计多个anchoring。

Situation 1:高度同源性

我们将目标序列进行Blast时,发现同源性特别高,如下图所示:

同源性.png

第一条序列中的“K”T/G等位)是目的SNP位点,Blast比较可以看出下游的“G”碱基是其特有的,也就是说该碱基可作为此目标SNP序列的anchoring位点,那么提交序列时,请参考下图:

同源性序列提交.png

Situation 2: 多倍体

对于多倍体物种,如下图所示,小麦拥有ABD三套基因组,故欲研究具体某套基因组中SNP的分型情况更是需要通过严格的序列对比,找出anchoring位点,提高引物特异性。

多倍体.png

上图中可以看出DB基因组中在同一位置存在“S”C/G二等位)多态,但在D中,该SNP位点的上游存在特异的“C”碱基,而在B中,SNP位点的下游区域存在特异的“T”碱基,也就是这两个位点可分别作为这两套基因组的anchoring碱基,序列提交如下图所示:

多倍体序列提交.png

如此强悍的技术怎能没有靠谱的服务呢?

        上海贝晶生物技术有限公司(Shanghai Baygene Biotechnologies Company Limited)是基因集团(Gene Group Holdings)全资子公司,位于上海市闵行区紫竹国家高新区,拥有1300多平米标准化的研发及生产区域,强大资深的生信团队及实验技术人员,专注为广大科研工作者提供基因分型、生物芯片等前沿实验室技术服务。


话不多说,小编带您直接看看针对多倍体物种,我司高通量KASP SNP分型服务真实结果(已征求客户同意):

小麦分型结果.png

上图是六倍体小麦SNP位点分型结果,三型独立、分型明确,call rate 高达100%;

棉花分型结果.bmp

上图是四倍体棉花SNP位点分型结果,三型独立、分型明确,call rate 极高,也就是说KASP技术+贝晶生物服务强强联合,即便是复杂基因组物种SNP分型,那都不是事儿~


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成小姐

Tel / Wechat:18817595251

           Email:Shirley_cl@baygene.com